El Directorio Institucional es el ámbito propicio para que las instituciones representadas ofrezcan aportes propios, propongan proyectos y fuentes de financiamiento, establezcan vínculos y realicen cualquier otro tipo de contribución al funcionamiento del Bosque Modelo Jujuy o al cumplimiento de sus objetivos en un marco de solidaridad y cooperación.
Al iniciarse cada nuevo periodo, el Directorio Institucional, designa por consenso o votación un Presidente, un Vice-Presidente y un Secretario, entre los integrantes del mismo. La determinación de los cargos responde solamente a fines organizativos, representativos y administrativos, ya que no otorga atributos especiales en cuanto a jerarquías, puesto que se trabaja en un marco de horizontalidad. El Directorio se rige de acuerdo a un reglamento interno de funcionamiento.
Actualmente, la conformación del Directorio Institucional es la siguiente:

Presidente: Alejandro Snopek - representante de la Cámara del Tabaco de Jujuy

Vicepresidente: Juan Carlos Calapeña - representante de HOLCIM Argentina

Secretario: César Ceballos - representante del Complejo Educativo Agropecuario Nº 1 "Ricardo Hueda"

Con esta representación, se comprende a los sectores no gubernamental, empresarial y estatal, cuya participación responde a uno de los requisitos fundantes del concepto de Bosques Modelo.